מערכת הבקרה של תנור מנהרה משתמשת בדרך כלל במערכת מחשב או בבקר לוגי מתכנת (PLC) לניטור אוטומטי לחלוטין. המערכת מאפשרת בקרת טמפרטורת PID מרובת אזורים עצמאית, המבטיחה טמפרטורות אחידות ויציבות בתוך התנור.
הפרמטרים המנוטרים כוללים משתני תהליך מרכזיים - כגון טמפרטורות אזור, מהירות רצועת מסוע, לחץ פנימי בתנור והפרש הלחץ על פני מסננים בעלי יעילות גבוהה - והמערכת כוללת פונקציות אזעקה. יתר על כן, מערכות בקרה מודרניות יכולות לשלב ניטור חלקיקים מקוון כדי לעקוב באופן רציף אחר ספירת החלקיקים הנישאים באוויר באזורים קריטיים (כגון אזור הקירור) ולהפעיל אזעקות אם חורגים מהמגבלות. ניתן להשיג ניטור מרכזי וניהול נתונים עבור יחידות תנור מרובות באמצעות שיטות תקשורת כגון Ethernet.
